samtools

统计read比对到基因组的情况

1.比对到基因组唯一区域

samtools view -bq 1 file.bam > unique.bam

2.比对到基因组多个位置

#比对上的reads数
samtools view -b -F 4 file.bam > mapped.bam
# 减去唯一比对上的就是比对多个位置的

3.没有比对到基因组上

samtools view -b -f 4 file.bam > unmapped.sam

参考

官方文档 http://www.htslib.org/doc/samtools.1.html

SAM文件格式 https://www.plob.org/article/7353.html

SAM 文件格式 https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972