iso-seq测序2.0版本

与参考基因组的注释信息进行比较

https://github.com/TomSkelly/MatchAnnot

# python2
python ~/software/MatchAnnot/matchAnnot.py  --gtf ~/work/Alternative/data/Gr_genome/Graimondii_221_v2.1.gene.gtf --format alt ./test.sam  >test/annote.out

将sam文件转换为gff文件

使用 https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki#what Cupcake包中的一个脚本

# 加入环境变量
export PATH=$PATH:~/software/cDNA_Cupcake/sequence/
# 必须切换cDNA_Cupcake目录才能运行
cd ~/software/cDNA_Cupcake/
sam_to_gff3.py -h
sam_to_gff3.py -s "标识符" ~/work/Alternative/result/Gr_result/CO41_42_result/06_Alignment/test.sam 
# gff3转gtf
~/scripte/gff2gtf_cufflinks  test.gff3  -T -o test.gtf

过滤比对文件

无论我怎么修改GMAP的参数，都不能够把这种比对情况给消除，试了一下 minimap 也是一样的效果https://github.com/lh3/minimap2#map-long-splice ，只能自己写脚本过滤一遍了

提取可变剪切文件中每个isform的bed文件

## 将所有的PacBioisform与基因编号提取出来
python classAltern.py splice.ascode.list.txt 11
awk '$6~/PB/{print $6"\t"$2}' 11  >2
awk '$7~/PB/{print $7"\t"$2}' 11  >>2
## 将每条PacBio序列的坐标提取
cut -f1 2|awk -F "|" '{print $2"\t"$1}' |sed -e 's/([^)])//g' -e 's/:/\t/g' -e 's/-/\t/g'|
## 提取对应每个基因的坐标，使用自己写的脚本
python $0 gfffile geneIDfile outfile
### 检查一下结果是否是对的，没有输出则是正确的
paste  2 3|awk '$2!=$3{print $0}'
### 提取出错的比对isfrom编号
cut -f1 2|awk -F "|" '{print $2"\t"$1}' |sed -e 's/([^)])//g' -e 's/:/\t/g' -e 's/-/\t/g'|paste - 3 |awk  '{if($7-$2>3000||$3-$8>3000){print $0}}' |less 
## 开始过滤比对出错的转录本对应的剪切事件
cut -f1 2|awk -F "|" '{print $2"\t"$1}' |sed -e 's/([^)])//g' -e 's/:/\t/g' -e 's/-/\t/g'|paste - 3 |awk  '{if($7-$2>3000||$3-$8>3000){print $0}}' |cut -f4|sort |uniq |xargs  -I {} grep "{}|" 11 >error_align.txt
## 过滤,最后文件为end文件
cat error_align.txt 11 |sort |uniq -u >end

按基因的坐标来提取可变剪切的数目

## 只使用坐标不关心是哪两个isform直接形成的
cut -f 1,2,3,4,5 end |sort|uniq  >end_second
## 改进了方法，使用sort加uniq，对于基因坐标相同的事件，保留了对应的转录本信息
awk '$1~/[^c]/{print $0}' end|awk '{print $8,$6,$7,$1,$2,$3,$4,$5}' OFS="\t"|sort -r  -k7,8|uniq -f 3|awk '{print $4,$5,$6,$7,$8,$2,$3,$1}' OFS="\t"|sort -n -k4,5 >end_third
###########
for i in 1; do 
grep ExonS end_second|wc -l; 
grep ExonS end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; 
grep IntronR end_second|wc -l; 
grep IntronR end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; 
grep AltD end_second|wc -l; 
grep AltD end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; 
grep AltA end_second|wc -l;
grep AltA end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; 
grep AltP end_second|wc -l; 
grep AltP end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; 
grep Other end_second|wc -l; 
grep Other end_second|awk '{print $2}' |sort|uniq |wc -l; done

使用脚本鉴定可变剪切

alternative_splice.py -i GMAP比对后的文件 -g 参考基因组gtf文件 -f 参考基因组序列 -as  -ats T -op -os  -t exon -c 0.95 -ave 3

修改gtf文件

awk '{print $1 "\t" $2 "\t" $3 "\t" $4 "\t" $5 "\t" $6 "\t" $7 "\t" $8 "\t" $11 " " $12 " " $9 " " $10}' cufflinks转化后的gtf文件 >最后可以使用的gtf文件

  • 基因组的参考文件**要经过一定的修改

  • as 对每种可变剪切进行编码

  • ats 是否输出可变剪切的统计文件 可以指定

  • op 是否输出图片

  • os 输出剪切位点序列

  • -t 指定识别模式

  • -c 如果外显子相似度达到阈值，则过滤掉转录本

  • -ave 如果边缘差异在【0,3】内，则过滤这个剪切事件

  • -ca, --canonical consider only introns with canonical splice sites

可变剪切的类型

  • AltP events refer to introns overlapping with each other but with both 5'- and 3'-ends differing.

  • AltD same 3'-end but a different 5'-end, this event was classified as

  • IntronR was completely covered by an exon, the event was classified as

  • ExonS exon was completely covered by an intron, the event was classified as

软件的思想：

  • 首先读取参考基因组的注释文件，将外显子比较相似的isform合并成一个转录本

  • 读取GMAP比对得到的gff文件，与上一步得到的文件进行合并，最后得到每个基因中含有的转录本

  • 对每个基因进行扫描，进行两两比较，然后坚定可变剪切的位点

  • 将基因发生可变剪切的位点提取出来，排序得到 splice code

  • ^ 表示可变供体

  • -表示受体

  • 0表示不存在剪切位点

根据可变剪切编码提取对应的剪切事件

1.提取可变剪切的编码

awk -F "\t" '{print $9 }' splice.ascode.list.txt|cut -d \; -f 3|sed 's/structure //g' |sed 's/,/\t/g' >111

如果基因组注释的转录本不准确的话，会影响AS事件的鉴定，所以使用07/merge.gtf文件取鉴定可变剪切事件

新基因不分析

## merge.gtf文件需要改造一下，将PacBio的基因编号改成基因组的编号
sed 's/EVM_prediction_/evm\.TU\./g' ~/work/Alternative/result/Ga_result/CO11_12_result/07_annotation/merge.gtf|awk -F "\t" '$9~/evm/{print $9$1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8}' OFS="\t" |awk -F ";" '{print $4,$3";"$2";"}' OFS="\t"|sed 's/orginal_//' >./../A2_merge_cahnge.gtf

awk -F "\t" '$9~/Gor/{print $9$1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8}' OFS="\t" ~/work/Alternative/result/Gr_result/CO41_42_result/07_annotation/merge.gtf| awk -F ";" '{print $4,$3";"$2";"}' OFS="\t"|sed 's/orginal_//' >./../D5_merge_change.gtf

awk -F "\t" '$9~/Gh/{print $9$1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8}' OFS="\t" ~/work/Alternative/result/Gh_result/CO31_32_result/07_annotation/merge.gtf| awk -F ";" '{print $4,$3";"$2";"}' OFS="\t"|sed 's/orginal_//' >./../TM-1_merge_change.gtf
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