分析染色体上各种特征
his比对文件
统计每个染色体区间中比对到的read数目，首先将histal2比对得到的sam文件，排序然后过滤质量获得每个read在基因组的比对位置
## 将sam文件转bam文件 然后排序
## 构建index索引
samtools index file.bam
## 统计每条染色体上比对到的read数目和没比对到的
samtools idxstats file.bam
#Chr04 98600468 4081232 7711
#Chr05 97880472 8856721 16729
#Chr06 132263754 5038917 10081
#Chr07 97507971 6642915 12732
#Chr08 129432109 5741117 13716
#Chr09 85040211 8261237 13135
#Chr10 129486693 7377850 12289
## 使用view模块统计的不是read数目,比对上的位置数目，当一个read比对到多个位置时，则算多次
samtools view -c file.bam
## 根据第5列比对质量进行过滤
samtools view -q 25 file.bam -b -o filter.bam 将bam文件转换成bed文件
参考
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