甲基化重复间的处理

1.多重校验

Args=commandArgs(T)
testdata=read.table(Args[1])
testdata$V6= p.adjust(testdata$V5,"fdr",dim(testdata)[1])
write.table(testdata,paste(Args[1],"fdr",sep="_"),sep="\t",col.names=F,row.names=F,quote=F)

产生的结果，下次得把输出结果换成bed文件，懒得再操作了

#染色体    位置    支持read    不支持read    p-value    q-value
Ghir_D10    5812790    0    15    0.913683465920395    0.994
Ghir_A12    83356832    8    14    4.93693150160766e-13    1.02102461256321e-12
Ghir_A07    40129930    6    5    2.09161332464737e-11    4.01201374434327e-11

2.取交集

2.1将多重校验结果整理成bed文件

awk -F "\t" '{print $1,$2,$2,$6}' OFS="\t" file.fdr >file.bed

2.2整理基因bed文件

根据基因组注释文件，整理出基因的bed文件，从而计算出每个基因的甲基化程度