> For the complete documentation index, see [llms.txt](https://zpliu.gitbook.io/booknote/llms.txt). Markdown versions of documentation pages are available by appending `.md` to page URLs; this page is available as [Markdown](https://zpliu.gitbook.io/booknote/ke-bian-jian-qie/di-8-ge-jie-guo.md). # 第8个结果 ## 四倍体内亚基因组间的比较 * At、Dt中共有的AS * At、Dt中特有的AS ```bash ##目录 allopolyploid python ASBias.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/At_vs_Dt_collinerity.txt -AS1 ~/work/Alternative/result/Gh_result/CO31_32_result/11_AS/At_splice.txt -AS2 ~/work/Alternative/result/Gh_result/CO31_32_result/11_AS/Dt_splice.txt -C ../blast/IR/At_Dt_conserve_end -o 11 -T IntronR ``` ### 同源基因间AS保守程度计算 ```bash python ./conservePrecentage.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/At_vs_Dt_collinerity.txt -isform ../ASCount/IR/At_Dt_IR -AS ../blast/IR/At_Dt_conserve_end -o 1111 ##转换格式 awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 ``` ### 不是类型的比例 * 完全保守的基因对 * 部分保守的基因对 * 完全不保守的基因对 * 同源基因间都存在剪切事件 * 只有单个基因存在剪切事件 ```bash ## 完全保守 awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 |awk '$2==1{print $0}'|wc -l ## 部分保守 awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 |awk '$2>0&&$2<1{print $0}'|wc -l ## 完全不保守 awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 |awk '$2==0{print $0}'|wc -l ## 完全不保守，并且都存在AS awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 |awk '$2==0{print $0}'|awk '$3!=0&&$6!=0{print $0}'|wc -l ## 完全不保守，只有一个基因组存在AS ``` | 同源基因间IR事件 | 数目 | 比例 | | --------- | ---- | --------- | | 完全保守 | 74 | | | 部分保守 | 1748 | | | 完全不保守 | 6796 | 6796/8618 | | 同源基因都存在AS | 1089 | | | 只有A存在 | 2789 | | | 只有D存在 | 2918 | | ## 二倍体不同亚基因组间的比较 ```bash python ../ASBias.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/A2_vs_D5_collinearity.txt -AS1 ~/work/Alternative/result/Ga_result/CO11_12_result/11_AS/end_splice.txt -AS2 ~/work/Alternative/result/Gr_result/CO41_42_result/11_AS/end_splice.txt -C ../../blast/IR/A2_D5_conserve_end -o 11 -T IntronR ``` | A2 D5间比较 | 数目 | 比例 | | -------- | ---- | --------- | | 完全保守 | 105 | | | 部分保守 | 2198 | | | 完全不保守 | 7567 | 7567/9870 | | 两个都存在AS | 1306 | | | 只有A中存在AS | 3923 | | | 只有D中存在AS | 2338 | | ![不同亚基因组间比较](https://s1.ax1x.com/2020/05/22/YX0ctJ.png) ## 寻找一些证据，支持同源基因间AS的差异 * 只在一个同源基因中存在剪切事件，而另外一个不存在 ```bash 目录 ASMissing #找到对应同源基因中没有发生AS的坐标 python extractIntronbed.py -fasta ~/work/Alternative/data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.0/Ghirsutum_genome_HAU_v1.0.fasta -r ~/work/Alternative/data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.0/Ghifrsutum_gene_model.gtf -p ~/work/Alternative/result/Gh_result/CO31_32_result/07_annotation/merge.gtf -o ./11 -f 22 ## 得到参考基因组与PacBio合并后的所有intron坐标，去除scaffold上的基因 sort -k1,1 -k2,3n 11 |uniq|sed '/Scaffold/d' >all_intron.bed ##得到所有intron两端的FESTs makeblastdb -in all_intron_FEST.fa -dbtype nucl -out ./DB/all_intron ##得到只在一个同源基因中存在的剪切事件 awk 'NR%2!=0{printf $0"\t"}NR%2==0{print $0}' 1111 |awk '$2==0{print $0}'|awk '$3!=0&&$6==0{print $0}'|cut -f1 |xargs -I {} grep {} -A 1 ../TM1/1 >../ASMissing/TM/At.fa ## 进行blast blastn -query At.fa -db DB/all_intron -evalue 1e-5 -num_threads 10 -outfmt '6 qseqid sseqid qstart qend sstart send nident pident qcovs evalue bitscore' -out At.blast ## 分解同源基因和比对的情况得到对应同源基因的坐标 python ~/scripte/Alternative/module/homologBlast.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/At_vs_Dt_collinerity.txt -Blast At.blast -o 2222 cat 2222|awk '$1~/^Ghir_A/&&$2~/^Ghir_D/{print $0}$1~/^Ghir_D/&&$2~/^Ghir_A/{print $2,$1,$3}' OFS="\t"|sort |uniq |awk '{print $2,$3,$1}' OFS="\t"|sort -k3 -k2,2nr|uniq -f2|awk '{print $3"\t"$2"\t"$1}'|sort -k3 -k2,2nr|uniq -f2 >333 ``` 统计找到对应坐标的比例 ## 同源基因对应位置上的差异 * intron长度的差异 ```bash ## 比较长度是否存在差异 awk -F "-" '$NF=="+"{print $4-$3+1"\t"$(NF-1)-$(NF-2)+1}$NF!="+"{print $4-$3+1"\t"$(NF-2)-$(NF-3)+1}' At.end ``` * 表观上的差异 ```bash ## 计算两个重复的平均甲基化程度 paste constitutive_CpG_rep*|awk '{print ($4+$8)/2"\tconstiutiveIR"}' >constitutive_CpG.txt ```