文章提纲

结果

1.原始数据的处理

2.PacBio测序描绘了全基因组的AS图谱 师兄文章第二段

Reconstruction of a long-read reference transcriptome for allopolyploid cotton

Figure2

  1. 在各个棉种中最终得到的AS种类与数目

  2. 设计引物验证测序数据的可靠性

3.AS表明了四倍体棉花基因组转录调控的复杂性

  1. 比较各个基因组中发生AS的基因数目和比例

    • 各个棉种中AS的数目和种类

    • 各个棉种中特异的AS，特异基因的AS称为特异的AS

    • splice junction

  2. 比较四倍体中At、Dt亚基因组之间AS的差异与基因表达偏向性的关系

    • At、Dt中共有的AS

    • At、Dt中亚基因组间特有的AS，PCR验证

4.在棉花多倍化过程中AS的改变

  1. 分别将At、Dt与对应的二倍体祖先进行比较，得到保守的AS

  2. 看A、D两个亚基因组在多倍化过程中是否存偏好性

5.表观修饰与AS之间的联系

  1. 可变的intron与constitutive intron之间表观修饰的差异，说明表观修饰参与到AS的调控，主要讲内含子保留与外显子跳跃

  2. 表观修饰在At、Dt中的差异

  3. 表观修饰在多倍化过程中(A2->At、D5->Dt);过程中的差异

多倍化之后，剪切事件是否会丢失；At丢失但是Dt没有丢失。

领域专家

8月31日组会 会议时间： 上午8:00；下午14:30 会议地点：c203 文献汇报顺序：

上午：

  1. 戚正阳 ：Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

  2. 刘振平：Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome

  3. 牛昊：Global reference mapping of human transcription factor footprints.

  4. 尤佳琦：Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell type

下午

  1. 苏柃：A limited set of transcriptional programs define major cell types.

  2. 常兴：A large-scale binding and functional map of human RNA binding proteins

  3. 田雪寒：Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites

  4. 陈鑫媛：

    1. Perspectives on ENCODE

    2. An integrative ENCODE resource for cancer genomics

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