寻找同源基因对应的位点

构造每个同源基因的bed文件,不考虑正负链的情况,所有正负链信息还是放在名字那留着备用

## 提取Dt同源基因对应的bed文件
cut -f1 ../GhDt_Gr_GhAt_Ga_end_noScaffold |xargs  -I {} grep {} ~/work/Alternative/data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.0/Ghirsutum_gene_model.gff3|awk '$3~/gene/{print $1,$4,$5,$7,$9}' OFS="\t"|awk -F ";" '{print $1}' |sed 's/ID=//g' |awk '{print $1,$2,$3,$5"_"$4}' OFS="\t"  >Dt.bed

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