计算同源基因间AS的保守程度

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根据之前使用blast比对获得的同源基因间IR的保守情况，将每个基因的AS保守程度进行量化

• 完全不保守

  • 两个同源基因间都有IR，但是都不保守

  • 其中有一个同源基因没有IR事件，使得不存在保守的IR

• 部分保守

  • 两个同源基因都存在AS事件，但是只有部分是保守的

• 某一个基因全部保守

  • A2中的IR与At中的IR完全保守，但At中还存在新的IR事件

  • At中的IR与A2中完全保守，但A2中仍旧有部分不保守

• 两个基因的所有IR事件都是保守的

计算公式

（A保守程度^2+B保守程度^2）/2

只有当其中一个基因完全保守时，才会大于0.5，都保守时等于1

• 0没有保守的AS 编码4

• >0||<=0.5存在交集 编码3

• >0.5||<1其中之一完全保守 编码2

• =1两个互相保守 编码1

保守程度的差异

分别比较两个亚基因组在多倍化之后，保守程度的差异情况，

• 可以看到，在多倍化的过程中与二倍体祖先基因组相比，两个亚基因组保守程度无显著性差异

• 而在四倍体中At与Dt的保守程度增加，相比与原来二倍体状态下的A2、D5；说明两个基因组在聚合到同一个细胞核内后，共享一些剪切因子，使得它们的剪切方式趋向于保守。

保守程度

保守的IR长度与非保守的IR长度

• At与A2基因组比较中保守IR与非保守的IR长度差异

• Dt与D5基因组比较中保守IR与非保守IR长度差异

• A2与D5基因组比较中保守与非保守IR长度差异

• At与Dt基因组比较中保守与非保守IR长度差异

#非保守的IR
cut -f1 ../A2_At_conserve_IR.txt|awk '{print ">"$1}'|cat - ../../A2_intron_junction.fasta|grep ">"|sort |uniq -u|awk -F "_" '{print $(NF-1)}'
#保守的IR
cut -f1 ../A2_At_conserve_IR.txt|awk '{print ">"$1}'|cat - ../../A2_intron_junction.fasta|grep ">"|sort |uniq -d|awk -F "_" '{print $(NF-1)}'

保守与非保守的长度