根据IR的保守程度对基因进行GO富集分析

类型

事件数目

基因数

At 与 A2保守

6474

2387

Dt 与 D5 保守

7733

2814

At与Dt保守

6418

2494

A2与D5保守

6229

2418

多倍化后只在At上保守

在选择压的作用下At基因保持一定的保守性,而Dt基因组则可以随意的剪切

awk '$5==0&&$7>0{print $0}' 1
awk '$5==0&&$7>0{print $1"\
n"$3}' 1|xargs  -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot  >GO/At_conserve.go

只在Dt上保守的

awk '$7==0&&$5>0{print $0}' 1
awk '$7==0&&$5>0{print $0}' 1|xargs  -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot  >GO/Dt_conserve.go

At与Dt中都保守

awk '$7==1&&$5==1||($7=="NA"&&$5=="NA"){print $0}' 1
awk '$7==1&&$5==1||($7=="NA"&&$5=="NA"){print $1"\n"$3}' 1|xargs  -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot >GO/At_Dt_conserve.go

At与Dt中都不保守

awk '$7==0&&$5==0{print $1"\n"$3}' 1

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