根据IR的保守程度对基因进行GO富集分析
类型
事件数目
基因数
At 与 A2保守
6474
2387
Dt 与 D5 保守
7733
2814
At与Dt保守
6418
2494
A2与D5保守
6229
2418
多倍化后只在At上保守
在选择压的作用下At基因保持一定的保守性,而Dt基因组则可以随意的剪切
awk '$5==0&&$7>0{print $0}' 1
awk '$5==0&&$7>0{print $1"\
n"$3}' 1|xargs -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot >GO/At_conserve.go
只在Dt上保守的
awk '$7==0&&$5>0{print $0}' 1
awk '$7==0&&$5>0{print $0}' 1|xargs -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot >GO/Dt_conserve.go
At与Dt中都保守
awk '$7==1&&$5==1||($7=="NA"&&$5=="NA"){print $0}' 1
awk '$7==1&&$5==1||($7=="NA"&&$5=="NA"){print $1"\n"$3}' 1|xargs -I {} grep {} ~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/Gh_Noscagenes_GO_V3.annot >GO/At_Dt_conserve.go
At与Dt中都不保守
awk '$7==0&&$5==0{print $1"\n"$3}' 1
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