EMBOSS

根据全长转录本cDNA序列预测ORF

• find 3号模式下输出从起始到终止的碱基信息

• 因为用cDNA序列去预测，所以不用反转

module load EMBOSS/6.5.7    
getorf  -sequence 111.fa   -find 3 -noreverse

判断ORF是否存在提前终止的密码子

先看看注释的参考基因组中转录本的情况，是不是符合人类中的研究；再看各种AS产生的isform的情况

提取所有isform的cDNA序列预测其ORF

根据EMBOSS预测的ORF序列，提取最长的ORF序列，判断终止密码子与最后一个exon的距离；

• 其中发生AS的isform含有距离大于50nt

• 而没有发生AS的isform含有距离小于50nt

我感觉只有其中距离是可以调节的，只要发生AS的isoform比没有发生AS的isoform提取终止就行

• 针对每种类型的AS进行计算

使用NCBI的ORFfinder搜索cDNA中的ORF