07kobas本地进行注释

1.配置Kobas

kobas运行环境为python2

##加载模块
module load kobas
##复制配置文件
cp /public/home/software/opt/bio/software/kobas/3.0/docs/kobasrc ~/.kobasrc

blast+运行时出错，在配置文件 ~/.kobasrc 更换为自己下载的blast+

2.进行注释

• -i 输入基因的氨基酸序列文件

• -t输入文件格式·

• -s背景物种缩写

• -o输出文件

• -z 使用同源基因进行跨物质注释ghi表示陆地棉

##提取目标基因的fasta序列
python ~/github/zpliuCode/Isoseq3/06UTRregulation/extractSequenceById.py G.arboreum.Chr.v1.0.pep.v1.0.fasta geneId.txt peptide.fa
##进行注释
annotate.py  -i  peptide.fa -t fasta:pro -s ath  -o annotate.txt

3.进行富集分析

• -f annotate 后得到的注释文件

• b 物种缩写

• -d 富集模式为GO

• -m 统计方法

• -n 多重校验方法

• -o输出文件

identify.py -f annotate.txt  -b ath -d G  -m h -n BH -o GO.txt

4.筛选结果

• p-value <0.05

awk -F "\t" '$6<=0.05{OFS="\t";print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7}' GO.txt|less

`