Bash练习题
2019-10-15
在终端输出
hello wold
创建一个名字叫test的目录
在test目录中创建一个test.txt文件
在test.txt文件中写入
hello world
将test.txt打包压缩成
.tar.gz
后缀的文件将压缩文件发给我
2019-10-19
在linux中下载测试数据文件
了解gff3文件格式
官方文档 https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
看完之后最好自己总结一下这个文件格式
统计下载文件的行数
去除文件中重复的行
这些操作可能会使用到的命令
wget
less
wc
sort
uniq
CDS、5'_UTP 、3'_UTR、exon、intron理解
http://www.dxy.cn/bbs/topic/36728037?sf=2&dn=10
2019-10-29
基因的fasta格式的序列
>atp4
ATGAGATTTAGTTCACGGGATATGCAGGATAGAAAGATGCTATTTGCTGCTATTCCATCTATTTGTGCATCAAGTCCGAA
GAAGATCTCAATCTATAATGAAGAAATGATAGTAGCTCGTCGTTTTATAGGCTTTATCATATTCAGTCGGAAGAGTTTAG
GTAAGACTTTCAAAGTGACTCTCGACGGGAGAATCGAGGCTATTCAGGAAGAATCGCAGCAATTCCCCAATCCTAACGAA
GTAGTTCCTCCGGAATCCAATGAACAACAACGATTACTTAGGATCAGCTTGCGAATTTGTGGCACCGTAGTAGAATCATT
ACCAACGGCACGCTGTGCGCCTAAGTGCGAAAAGACAGTGCAAGCTTTGTTATGCCGAAACCTAAATGTAAAGTCAGCAA
CACTTCCAAATGCCACTTCTTCCCGTCGCATCCGTCTTCAGGACGATATAGTAACAGGTTTTCACTTCTCAGTGAGTGAA
AGATTTTTCCCCGGGTGTACGTTGAAAGCTTCTATCGTAGAACTCATTCGAGAGGGCTTGGTGGTATTAAGAATGGTTCG
GGTGGGGGGTTCTCTTTTTTAA
>atp6
ACGATTACGCCCAACAGCCCACTTGAGCAATTTGCCATTCTCCCATTGATTCCTATGAATATTGGAAAAATTTATTTCTC
ATTCACAAATCCATCTTTGTCTATGCTGCTAACTCTCAGTTTGGTCCTACTTCTGGTTCATTTTGTTACTAAAAACGGAG
GGGGAAACTCAGTACCAAATGCTTGGCAATCCTTGGTAGAGCTTATTCATGATTTCGTGCCGAACCCGGTAAACGAACAA
ATAGGTGGTCTTTCCGGAAATGTTCAACAAAAGTTTTCCCCTCGCATCTCGGTCACTTCTACTTTTTCGTTATTTCGTAA
TCCCCAGGGTATGATACCTTATAGCTTCACAGTCACAAGTCATTTTCTCATTACTTTGGGTCTCTCATTTCCGATTTTTA
TTGGCATTACTATAGTGGGATTTCAAAGAAATGGGCTTCATTTTTTAAGCTTCTCATTACCCGCAGGAGTCCCACTGCCG
TTAGCACCTTTTTTAGTACTCCTTGAGCTAATCCCTCATTGTTTTCGCGCATTAAGCTCAGGAATACGTTTATTTGCTAA
TATGATGGCCGGTCATAGTTCAGTAAAGATTTTAAGTGGGTCCGCTTGGACTATGCTATGTATGAATGATCTTTTTTATT
TCATAGGAGATCCTGGTCCTTTATTTATAGTTCTTGCATTAACCGGTCCGGAATTAGGTGTAGCTATATCACAAGCTCAT
GTTTCTACGATCTCAATCTGTATTTACTTGAATGATGCTACAAATCTCCATCAAAGTGGTTATTTATTTATAATTGAACA
把上面的序列在服务器中写进test.fa文件
写一个名字叫fastaread.py的python脚本对fasta文件进行读取,
代码如下
#!/usr/bin/python def cat(file): """ 读入FASTA格式的文件 :param file: FASTA格式的文件 :return: None """ for line in open(file): print(line.strip()) cat("./test.fa")
运行脚本 ----命令为
python fastaread.py
理解每行代码做了什么事情
可以帮助理解的博客
python srip函数 https://www.runoob.com/python/att-string-strip.html
python open函数 https://www.runoob.com/python3/python3-func-open.html
面向对象 :https://baijiahao.baidu.com/s?id=1597642060961639915&wfr=spider&for=pc
2019-11-02
获取服务器最近100条登录记录,将登录记录保存到
login.log
日志文件写一个python脚本,统计这100条记录中出现了哪些用户,和用户登录的次数,类似这样的结果
userName loginCount genome 10 yjwang 5
大致是这样的
# 读取一个文件 # 使用for循环遍历文件的每一行,会得到一个以"\t"为分隔符的字符串 # 将用户名作为字典的键,并且初始化值为0 # 再遍历一次,出现相同的用户名则将次数加1
参考命令 :
last
head
python 知识点
split()
切割字符串函数https://www.runoob.com/python/att-string-split.htmlopen()
打开文件函数 https://www.runoob.com/python/python-func-open.html
Solution:

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