Bash练习题

2019-10-15

1. 在终端输出hello wold

2. 创建一个名字叫test的目录

3. 在test目录中创建一个test.txt文件

4. 在test.txt文件中写入hello world

5. 将test.txt打包压缩成 .tar.gz后缀的文件

6. 将压缩文件发给我

2019-10-19

• 在linux中下载测试数据文件

  下载地址 https://zpliu1126.github.io/Bioinformatic/test.gff3

• 了解gff3文件格式

  官方文档 https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md

  看完之后最好自己总结一下这个文件格式

• 统计下载文件的行数

• 去除文件中重复的行

这些操作可能会使用到的命令

• wget

• less

• wc

• sort

• uniq

CDS、5'_UTP 、3'_UTR、exon、intron理解

http://www.dxy.cn/bbs/topic/36728037?sf=2&dn=10

2019-10-29

基因的fasta格式的序列

>atp4
ATGAGATTTAGTTCACGGGATATGCAGGATAGAAAGATGCTATTTGCTGCTATTCCATCTATTTGTGCATCAAGTCCGAA
GAAGATCTCAATCTATAATGAAGAAATGATAGTAGCTCGTCGTTTTATAGGCTTTATCATATTCAGTCGGAAGAGTTTAG
GTAAGACTTTCAAAGTGACTCTCGACGGGAGAATCGAGGCTATTCAGGAAGAATCGCAGCAATTCCCCAATCCTAACGAA
GTAGTTCCTCCGGAATCCAATGAACAACAACGATTACTTAGGATCAGCTTGCGAATTTGTGGCACCGTAGTAGAATCATT
ACCAACGGCACGCTGTGCGCCTAAGTGCGAAAAGACAGTGCAAGCTTTGTTATGCCGAAACCTAAATGTAAAGTCAGCAA
CACTTCCAAATGCCACTTCTTCCCGTCGCATCCGTCTTCAGGACGATATAGTAACAGGTTTTCACTTCTCAGTGAGTGAA
AGATTTTTCCCCGGGTGTACGTTGAAAGCTTCTATCGTAGAACTCATTCGAGAGGGCTTGGTGGTATTAAGAATGGTTCG
GGTGGGGGGTTCTCTTTTTTAA
>atp6
ACGATTACGCCCAACAGCCCACTTGAGCAATTTGCCATTCTCCCATTGATTCCTATGAATATTGGAAAAATTTATTTCTC
ATTCACAAATCCATCTTTGTCTATGCTGCTAACTCTCAGTTTGGTCCTACTTCTGGTTCATTTTGTTACTAAAAACGGAG
GGGGAAACTCAGTACCAAATGCTTGGCAATCCTTGGTAGAGCTTATTCATGATTTCGTGCCGAACCCGGTAAACGAACAA
ATAGGTGGTCTTTCCGGAAATGTTCAACAAAAGTTTTCCCCTCGCATCTCGGTCACTTCTACTTTTTCGTTATTTCGTAA
TCCCCAGGGTATGATACCTTATAGCTTCACAGTCACAAGTCATTTTCTCATTACTTTGGGTCTCTCATTTCCGATTTTTA
TTGGCATTACTATAGTGGGATTTCAAAGAAATGGGCTTCATTTTTTAAGCTTCTCATTACCCGCAGGAGTCCCACTGCCG
TTAGCACCTTTTTTAGTACTCCTTGAGCTAATCCCTCATTGTTTTCGCGCATTAAGCTCAGGAATACGTTTATTTGCTAA
TATGATGGCCGGTCATAGTTCAGTAAAGATTTTAAGTGGGTCCGCTTGGACTATGCTATGTATGAATGATCTTTTTTATT
TCATAGGAGATCCTGGTCCTTTATTTATAGTTCTTGCATTAACCGGTCCGGAATTAGGTGTAGCTATATCACAAGCTCAT
GTTTCTACGATCTCAATCTGTATTTACTTGAATGATGCTACAAATCTCCATCAAAGTGGTTATTTATTTATAATTGAACA

• 把上面的序列在服务器中写进test.fa文件

• 写一个名字叫fastaread.py的python脚本对fasta文件进行读取,

  代码如下

  #!/usr/bin/python 
  def cat(file):
      """
      读入FASTA格式的文件
      :param file: FASTA格式的文件
      :return: None
      """
      for line in open(file):
          print(line.strip())
  
  cat("./test.fa")

• 运行脚本 ----命令为 python fastaread.py

• 理解每行代码做了什么事情

可以帮助理解的博客

• 脚本第一行的意思 https://www.cnblogs.com/furuihua/p/11213486.html
• python srip函数 https://www.runoob.com/python/att-string-strip.html
• python 函数 https://www.runoob.com/python3/python3-function.html
• python open函数 https://www.runoob.com/python3/python3-func-open.html

面向对象 ：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1597642060961639915&wfr=spider&for=pc

2019-11-02

• 获取服务器最近100条登录记录,将登录记录保存到login.log日志文件

• 写一个python脚本，统计这100条记录中出现了哪些用户，和用户登录的次数,类似这样的结果

  userName    loginCount
  genome    10
  yjwang    5

  大致是这样的

  # 读取一个文件
  # 使用for循环遍历文件的每一行，会得到一个以"\t"为分隔符的字符串
  # 将用户名作为字典的键，并且初始化值为0
  # 再遍历一次，出现相同的用户名则将次数加1

参考命令 ：

• last

• head

• > 重定向符 https://www.cnblogs.com/piperck/p/6219330.html

python 知识点

• split()切割字符串函数https://www.runoob.com/python/att-string-split.html
• open()打开文件函数 https://www.runoob.com/python/python-func-open.html
• 读写文件 https://www.cnblogs.com/zywscq/p/5441145.html
• sys获取命令行参数 https://blog.csdn.net/u011068702/article/details/80787226
• 字典 https://www.runoob.com/python/python-dictionary.html

Solution：

字典与数组