# Bash练习题

## ~~2019-10-15~~

1. 在终端输出`hello wold`
2. 创建一个名字叫test的目录
3. 在test目录中创建一个test.txt文件
4. 在test.txt文件中写入`hello world`
5. 将test.txt打包压缩成 `.tar.gz`后缀的文件
6. 将压缩文件发给我

## ~~2019-10-19~~

* 在linux中下载测试数据文件

  下载地址 <https://zpliu1126.github.io/Bioinformatic/test.gff3>
* 了解gff3文件格式

  官方文档 <https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md>

  看完之后最好自己总结一下这个文件格式
* 统计下载文件的行数
* 去除文件中重复的行

这些操作可能会使用到的命令

* `wget`
* `less`
* `wc`
* `sort`
* `uniq`

CDS、5'\_UTP 、3'\_UTR、exon、intron理解

<http://www.dxy.cn/bbs/topic/36728037?sf=2&dn=10>

## ~~2019-10-29~~

基因的**fasta**格式的序列

```bash
>atp4
ATGAGATTTAGTTCACGGGATATGCAGGATAGAAAGATGCTATTTGCTGCTATTCCATCTATTTGTGCATCAAGTCCGAA
GAAGATCTCAATCTATAATGAAGAAATGATAGTAGCTCGTCGTTTTATAGGCTTTATCATATTCAGTCGGAAGAGTTTAG
GTAAGACTTTCAAAGTGACTCTCGACGGGAGAATCGAGGCTATTCAGGAAGAATCGCAGCAATTCCCCAATCCTAACGAA
GTAGTTCCTCCGGAATCCAATGAACAACAACGATTACTTAGGATCAGCTTGCGAATTTGTGGCACCGTAGTAGAATCATT
ACCAACGGCACGCTGTGCGCCTAAGTGCGAAAAGACAGTGCAAGCTTTGTTATGCCGAAACCTAAATGTAAAGTCAGCAA
CACTTCCAAATGCCACTTCTTCCCGTCGCATCCGTCTTCAGGACGATATAGTAACAGGTTTTCACTTCTCAGTGAGTGAA
AGATTTTTCCCCGGGTGTACGTTGAAAGCTTCTATCGTAGAACTCATTCGAGAGGGCTTGGTGGTATTAAGAATGGTTCG
GGTGGGGGGTTCTCTTTTTTAA
>atp6
ACGATTACGCCCAACAGCCCACTTGAGCAATTTGCCATTCTCCCATTGATTCCTATGAATATTGGAAAAATTTATTTCTC
ATTCACAAATCCATCTTTGTCTATGCTGCTAACTCTCAGTTTGGTCCTACTTCTGGTTCATTTTGTTACTAAAAACGGAG
GGGGAAACTCAGTACCAAATGCTTGGCAATCCTTGGTAGAGCTTATTCATGATTTCGTGCCGAACCCGGTAAACGAACAA
ATAGGTGGTCTTTCCGGAAATGTTCAACAAAAGTTTTCCCCTCGCATCTCGGTCACTTCTACTTTTTCGTTATTTCGTAA
TCCCCAGGGTATGATACCTTATAGCTTCACAGTCACAAGTCATTTTCTCATTACTTTGGGTCTCTCATTTCCGATTTTTA
TTGGCATTACTATAGTGGGATTTCAAAGAAATGGGCTTCATTTTTTAAGCTTCTCATTACCCGCAGGAGTCCCACTGCCG
TTAGCACCTTTTTTAGTACTCCTTGAGCTAATCCCTCATTGTTTTCGCGCATTAAGCTCAGGAATACGTTTATTTGCTAA
TATGATGGCCGGTCATAGTTCAGTAAAGATTTTAAGTGGGTCCGCTTGGACTATGCTATGTATGAATGATCTTTTTTATT
TCATAGGAGATCCTGGTCCTTTATTTATAGTTCTTGCATTAACCGGTCCGGAATTAGGTGTAGCTATATCACAAGCTCAT
GTTTCTACGATCTCAATCTGTATTTACTTGAATGATGCTACAAATCTCCATCAAAGTGGTTATTTATTTATAATTGAACA
```

* 把上面的序列在服务器中写进test.fa文件
* 写一个名字叫**fastaread.py**的python脚本对fasta文件进行读取,

  代码如下

  ```python
  #!/usr/bin/python 
  def cat(file):
      """
      读入FASTA格式的文件
      :param file: FASTA格式的文件
      :return: None
      """
      for line in open(file):
          print(line.strip())

  cat("./test.fa")
  ```
* 运行脚本 ----命令为 `python fastaread.py`
* 理解每行代码做了什么事情

可以帮助理解的博客

* 脚本第一行的意思 <https://www.cnblogs.com/furuihua/p/11213486.html>
* python srip函数 <https://www.runoob.com/python/att-string-strip.html>
* python 函数 <https://www.runoob.com/python3/python3-function.html>
* python open函数 <https://www.runoob.com/python3/python3-func-open.html>

面向对象 ：<https://baijiahao.baidu.com/s?id=1597642060961639915&wfr=spider&for=pc>

## 2019-11-02

* 获取服务器最近100条登录记录,将登录记录保存到`login.log`日志文件
* **写一个python脚本**，统计这100条记录中出现了哪些用户，和用户登录的次数,类似这样的结果

  ```python
  userName    loginCount
  genome    10
  yjwang    5
  ```

  大致是这样的

  ```python
  # 读取一个文件
  # 使用for循环遍历文件的每一行，会得到一个以"\t"为分隔符的字符串
  # 将用户名作为字典的键，并且初始化值为0
  # 再遍历一次，出现相同的用户名则将次数加1
  ```

参考命令 ：

* `last`
* `head`
* `>` 重定向符 <https://www.cnblogs.com/piperck/p/6219330.html>&#x20;

python 知识点

* `split()`切割字符串函数<https://www.runoob.com/python/att-string-split.html>
* `open()`打开文件函数 <https://www.runoob.com/python/python-func-open.html>
* 读写文件 <https://www.cnblogs.com/zywscq/p/5441145.html>
* sys获取命令行参数 <https://blog.csdn.net/u011068702/article/details/80787226>
* 字典 <https://www.runoob.com/python/python-dictionary.html>

Solution：

![字典与数组](https://43423.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/img/20191124133553.png)