分析IR在各个基因组的保守性
1.同一个基因组多倍化过程中的变化
A2中不同类型的IR,在IRscore值上的差异
外显子化
内含子化
other
保守的IR
At中不同类型IR 在IR score值上的差异
由外显子转化为IR
由内含子转化为IR
保守的IR
other转换为IR

完全外显子化,或者由外显子转化而来的IR;在IR score值上都是最高的;
分析那些多倍化过程中由IR变成intron后,并且基因没有再发生AS的基因
例如在A基因组中,有多少基因;在D基因组有多少基因,在取个交集
在A基因组中有7650个IR事件发生了内含子化,对应了4265个基因;其中有2291个基因在多倍化后没有发生AS
在D基因组中有7342个IR事件发生了内含子化,对应了3947个基因,其中有1957个基因在多倍化后没有发生AS
A2和D5取交集,看有多少基因的IR是同时丢失
A基因组中2291个基因,D基因组中1957个基因;总共有313个基因是在A、D基因组中同时丢失了AS
分析那些在祖先中没有发生AS,而多倍化之后发生IR的基因
在A基因组中4170个IR事件是由intron转化而来的,对应了2502个基因,其中有874个基因在A2中没有发生AS
在D基因组中4912个IR事件是由intron转化而来的,对应了2889个基因,其中有1352个基因在D5中是没有发生AS
At与Dt取交集,看有多少基因是同时获得IR的
A基因组有874个基因,D基因组中1352个;总共有89个基因同时获得了IR事件
通过比较A、D基因组在多倍化过程中的变化也发现,基因同时获得IR事件的比例89/874是比同时丢失的比例313/1957低的。
分析多倍化过程中保守的IR事件
A基因组中一共有4221个保守的IR事件,D基因组中一共有3875个保守的IR事件;在A、D基因组中都保守的IR事件只有721个
取个交集,看A、D两个亚基因组同时保守和只在A基因组中保守的IR事件
进行GO富集分析
多倍化过程中IR丢失的基因
多倍化过程中获得IR的基因
可能是由于基因数比较少,没有富集到显著的通路
多倍化过程中保守的IR的基因
A基因组中保守基因的GO
D基因组中保守基因的GO
2.不同基因组间IR保守性的分析
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