gffutils

gffutils是基于splite3 database对注释信息进行存储,因此能实现非常快速的查询,相比于一些文本工具

1.创建GFF数据库

这个操作只需要进行一次就行,之后就可以直接使用这个数据库,包含的一些参数如下:

  • force=True 覆盖已有的数据库

  • keep_order=True 属性的顺序( ID, Name, Parent, and so on )

  • sort_attribute_values=True 给属性的值排序

import gffutils
db = gffutils.create_db(filename, database_filename)
##导入配置好的数据库
db = gffutils.FeatureDB(database_filename)

2.查询数据库中的内容

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