# 如何使用Conda

在日常数据的分析过程中，我们往往会使用许许多多的软件；这些软件需要不同的依赖举个例子A软件需要python2的环境而B软件需要python3的环境，因此当你使用python去运行软件的时候往往敲下的命令像这样`python A.py`；这时候就需要仔细检查一下python是否是正确的版本`python2|python3`。

不仅仅是python版本的问题，甚至有些软件在python包上也会有冲突，这样就很难办了；例如A软件需要的是`numpy 1.0.4`而B软件需要的是`numpy 1.2.4`；这时候运行不同的软件你就需要去指定加载不同版本的`numpy`包了。

conda的出现减少我们在软件安装上带来的困惑，让更多的精力投入到数据分析中。

## 预备知识

> **环境变量:** 操作系统运行时的一些参数和系统配置；为了方便**统称内存**吧

简单的来说就是当系统启动的时候，一些东西就被加入到操作系统中，在这个环境下；你可以从内存中取出这个变量的值；但是我们系统的内存是有限的，不可能把所有的文件信息、位置存到内存中；我们仅仅只把一些系统关键信息、常用到的一些东西存进内存。

做个简单的示范

> 假设我在当前环境设置一个变量a=10；再开启一个子进程是就访问不了这个变量a了；
>
> 但是把它加入到内存后，在子进程中同样可以访问到这个变量

```bash
###没加入环境变量
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ a=10
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ bash   ##开启子进程
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ echo $a
#值为空

###加入环境变量中
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ export a=10  ##加入环境变量
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ bash    ##进入子进程
(base) [zpliu@mn02 cdHit]$ echo $a
10
```

## 安装`MiniConda`

下载安装包后，正常情况一路点确定就行，并且会下载一些包用于MiniConda的初始化；

```bash
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
```

安装完成后脚本会自动在`~/.bashrc`文件中添加一些配置信息

```bash
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/public/home/lqiao/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/public/home/lqiao/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/public/home/lqiao/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/public/home/lqiao/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
```

接下来只需要重新加载一下配置文件就可以使用`conda`了

```bash
##重新加载bashrc文件
source  ~/.bashrc
```

## 添加清华镜像源

```bash
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/  
conda config --set show_channel_urls yes  
##添加bioconda源
# bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
```

## Conda的正确使用姿势

每个软件的依赖项不一样，因此在使用的时候，尽量给每个软件创建一个单独的环境；保证软件能够正常的运行。

下面以安装计算遗传复杂度软件`xlcpr`为例，`xlcpr`是基于python3的，因此安装是就需要制定python的版本

### 1.创建`xlcpr`环境

环境名可以和软件名字一样方便回忆，我这里就取xcplr了

```bash
conda create -n  xpclr python=3.8.3
```

### 2.安装依赖

一般软件对应的文档会有命令的

* `-n`指定对应的环境

```bash
conda activate xcplr ##进入环境
conda install xpclr -c bioconda -y

##或者不进入环境就安装包
conda install xpclr -c bioconda -y -n xpclr  ##-n就是指定环境用的
```

安装完成后在当前环境变量就会有`xcplr`这个可执行脚本了

```bash
xcplr -h
```

### 3.退出环境

```bash
conda deactivate xlcpr
```

### 4.删除环境

如果有的软件不用了，也可以直接把对应的整个环境给删除掉

```bash
conda remove -n xpclr --all
```

5.列出环境中已经安装的包

```bash
conda list -n xlcpr
```

## conda进阶

接下来这部分主要讲conda的大致实现原理,

```bash
conda info  ##查看conda的详细信息
```

最主要的信息就是

```bash
package cache : /public/home/zpliu/miniconda3/pkgs
                          /public/home/zpliu/.conda/pkgs
envs directories : /public/home/zpliu/miniconda3/envs
                          /public/home/zpliu/.conda/envs
```

每次下载依赖的时候，conda会去检测`package cache`中是否含有对应版本的包，conda会拷贝一份到对应环境，没有就会下载一份。

再说说`envs directories`这个变量吧。

## 【持续更新】错误集锦

* 安装包错误

  > failed with initial frozen solve Retrying with flexible solve.

  解决办法

  ```bash
   conda config --add channels conda-forge
   conda config --set channel_priority strict
  ```


---

# Agent Instructions: Querying This Documentation

If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question.

Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter:

```
GET https://zpliu.gitbook.io/booknote/linux/conda-shi-yong.md?ask=<question>
```

The question should be specific, self-contained, and written in natural language.
The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.

Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.