14干旱积累对HIN1蛋白剪切效率的影响
Abstract
HAI1蛋白磷酸酶与干旱响应信号高度相关，通过蛋白互作，筛选到一个与HAI1互作的蛋白HIN1，HIN1能够被HAI1去磷酸化，定位在细胞核以及功能未知的蛋白。同时HIN1与SR富集的剪切因子互作，在干旱条件下出现在细胞核中，表明它可能参与到pre-mRNA的剪切。通过对拟南芥Col-0野生型进行RNA-seq测序，发现500个Intron的IR频率有所改变在干旱条件下。HIN1绑定到所调节的内含子两侧的GAA-repeat重复区域。通过对HIN1的突变发现超表达之后增强植物的抗旱能力，突变之后则减弱抗旱能力。表明这个HIN1（ AT3G11290）是一个植物中特有的RNA结合蛋白，能够响应干旱促进内含子的剪切，减少IR发生的频率。
Result
可变剪切在调节基因响应一些非生物逆境中起着重要的作用，通过5‘供体端与分支位点相连，然后去除3’受体端，将两端的外显子相连，完成pre-mRNA的剪切。
ES跳跃可能是受到 外显子和内含子连接处的 外显子剪切增强序列的影响。 这段序列是给剪切增强子或者抑制子结合，然后与与剪切复合体、其他RNA结合蛋白互作来影响剪切效率的（这几篇文献得好好看看）
This regulation is mediated, in part, by Exonic Splicing Enhancer (ESE) sequences that are adjacent to the exon–intron junction and influence splicing efficiency
植物中IR事件更加丰度，通常是造成编码框的提前终止，并且与完整的转录本相比不稳定，可能IR的目的不在于产生多种类型的蛋白质，而在于控制有功能蛋白质的丰度。
通过酵母双杂事件，筛选到一个与HAI1互作的蛋白，发现它能够促进植物的生长在干旱条件下载，并且能够绑定到邻近的内含子区域，影响内含子的保留效率。
分析isform的稳定性，发现IR的isform比fully spliced 转录本不稳定，这种不稳定可能是有意义的。在非干旱调节下HIN1降解，使得IR不能够被去除，从而导致翻译的蛋白质量减少。但仍旧有一部分IR isform是稳定的
对HIN1结合RNA的能力进行分析，发现一种moitf，主要位于exon区域。并且这个序列和其他的研究就跟有很大的相似之处
总结
HIN1通过招募HAI1来对一些剪切因子进行去磷酸化，增强IR intron的剪切
通常高水平的IR事件，往往导致一些不稳定的转录物，使得一些与stress相关的蛋白翻译处于关闭状态，在压力到来时，增加IR的剪切效率，来大量产生蛋白质
IR通常导致终止密码子的提前，产生的截断的蛋白质可能是没有功能的。
HIN1偏好性的结合到最后一个intron上，这个我觉得可以分析一下，并且结合上RNA的motif为GAAGAA序列，这段序列在DNA水平上与组蛋白的乙酰化有关系
通过逆境与非逆境的比较，将一些共有的isforn做了GO富集分析
参考
Highly ABA-Induced 1 (HAI1)-Interacting protein HIN1 and drought acclimation-enhanced splicingb efficiency at intron retention sites
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