13使用iso-seq分析高粱转录本数据

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Abstract

pre-mRNA可变剪切和可变的多聚腺苷化导致转录组的多态性，这也是真核生物中基因组中基因的一种调控方式。通过使用三代PacBio测序技术，使得能够准确的鉴定全长转录本的信息。同时开发了一个TAPIS,用来分析isofprm sequencing的流程，用于鉴定全长转录本和多聚腺苷酸位点。这个研究就丰富了高粱基因组的注释信息，对能源作物的基因表达调控进行了研究。

Result

1. 看了一下Iso-Seq序列在整个高粱基因组的分布

2. 跟发表的基因组注释文件进行了比较，说明这个全长转录组的数据丰富了注释信息

3. 比较了一下AS事件的比例以及，跑了一下胶证明这个数据的可靠性

4. 对APA 多聚腺苷酸进行了分析

5. 使用二代测序数据对对照和处理两个样本基因的表达量进行了表达差异分析

参考

1. A survey of the sorghum transcriptome usingsingle-molecule long reads