使用ab-Blast进行鉴定
xdformat -n -o test test.fa
进行比对
参考说明
~/software/wu-blast/ab-blast-20200317-linux-x64/ab-blastn test test.fa -o 11 e=1e-5 mformat=2
运行wu-blast
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/extract_spliceSiteSeq.py -p geneExpress/isform.gtf -r gene_isformCount.txt2 -g ~/work/Alternative/data/Ga_genome/G.arboreum.Chr.v1.0.fasta -o tmp
## 建库
~/software/wu-blast/ab-blast-20200317-linux-x64/xdformat -n -o all_vs_all all_vs_all.fa
##鉴定同源基因间保守的isform
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/wu-Blast.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/A2_vs_At_collinearity.txt -r1 ../A2/gene_isformCount.txt2 -r2 ../TM1/At_isformCount.txt -fa1 A2_isform_splice.fa -fa2 At_isform_splice.fa -o hhhhhh
##
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/conserveIsform.py -r1 ../A2/gene_isformCount.txt2 -r2 ../D5/gene_isformCount.txt2 -gtf1 ~/work/Alternative/result/Ga_result/CO11_12_result/07_annotation/merge.gtf -gtf2 ~/work/Alternative/result/Gr_result/CO41_42_result/07_annotation/merge.gtf -gap 15 -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/A2_vs_D5_collinearity.txt -o zzz
##转换wu-blast结果
awk '$1~/evm/{print $0}$1~/Ghir/{print $2"\t"$1}' ../A2_At.txt
##提取保守的isform
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/conserveIsform2.py -blast A2_At.txt -r1 ~/work/Alternative/result/Ga_result/CO11_12_result/07_annotation/merge.gtf -r2 ~/work/Alternative/result/Gh_result/CO31_32_result/07_annotation/merge.gtf -o 222
##去重
sort 222 |uniq |sort -k2,2 -k5,5n|awk '{print $1,$3,$4,$5,$2}' OFS="\t" |uniq -f4|awk '{print $5,$2,$3,$4,$1}' OFS="\t" |sort -k5,5 -k4,4n|uniq -f4 |awk '{print $5,$1,$2,$3,$4}' OFS="\t" >A2_At.txt
## 筛选并且更改格式
awk '$5<=200{split($1,a,"-");split($2,b,"-");print a[1]"\t"a[2]"\t"b[1]"\t"b[2]}' ../conserve_isform/conserve_isform/D5_Dt.txt
统计存在保守isfrom的数目分布，以及对应的gene isform的总数的平均值
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/isformlevel/isformNumber.py -c conserve_isform.txt -all isform_count.txt -f1 0 -f2 2 -o1 test -o2 test2
二倍体到四倍体，多倍化过程中，存在保守isform的基因，非保守的isform减少，表明isform的多态性在减少
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/isformConserveRate.py -all isform_count.txt -c conserve_isform.txt -o 11
二倍体内保守，四倍体内不保守例子
isoform在多倍化后的丢失
二倍体内部保守，四倍体内保守的例子
isoform多倍化后，在两个亚基因组间共享
二倍体内保守，四倍体内同样保守
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/isformlevel/polypolid.py -homolog ~/work/Alternative/result/homologo/homologGene/A2_D5_At_Dt_collinearity.txt -A2D5 ../A2_vs_D5/conserve_isform.txt -AtDt ../At_vs_Dt/conserve_isform.txt -A2At ../A2_vs_At/conserve_isform.txt -D5Dt ../D5_vs_Dt/conserve_isform.txt -o AtDt分化 -o1 AtDt趋同 -o2 保持不变
输出的结果还需要去一下重,由于在用wu-blast直接比对的时候没有鉴定出保守性，但是通过两个基因组间的关系间接证明了保守性，这个先去掉，原始文件先存着；到时候设计引物的时候在看看
## 多倍化后isoform丢失
awk '{print $0"\t"$4"\t"$5}' 111 |sort -k7,8 |uniq -f 6 -u |cut -f1-6 >polploid_decrease.txt
## 多倍化后趋同
sort -k5,6 22 |uniq -f4 -u >polploid_inrease.txt
## 多倍化后仍旧保守的
mv 333 polploid_unchange.txt
分析四倍体类保守转录本的组成
At与Dt是保守的，但是只在A2中保守，或者只在D5中保守；趋同进化
| At 与Dt 保守的6331 对isform中，有3166在二倍体内同样保守，1145对只在A2中出现，840对只在D5中出现，剩下1180对，其他
分析A2与D5中保守，但只在At与Dt一个亚基因组中保守的，并行分化
| A2与D5中保守的11823条转录本，在四倍体中有3166条同样保守，有2262条在At中保守，2380条在Dt中保守，4,015是其他类型
多倍化过程中两股力量同时推动着棉花的进化
虽然At与Dt比较中存在较少比例的保守isofrom，但是我们分别对A2与D5中保守的isofrom，与两个亚基因组比较后发现39%，4600多条只在At或者只在Dt中保守的isofrom；与此同时通过对At与Dt中已经鉴定到的保守的isform，我们发现有将近31%的isofrom只在A2或者只在D5中保守，更多的D基因组向A基因组方向进化
At与Dt合并后相比于A2、D5合并后isform数减少
A2 conserve vs A2 uniq | At conserve vs At uniq
保守的isoform表达水平更高
##获取每种比较中isform和对应的fpkm值
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/isformlevel/isformFPKM.py -c conserve_isform.txt -all isform_count.txt -fpkm1 ../../geneExpress/stringtie/A2/t_data.ctab -fpkm2 ../../geneExpress/stringtie/D5/t_data.ctab -o A2_D5_conserveFPKM.txt -uniq A2_D5_uniqFPKM.txt
##获取发生剪切的isform
awk '{print $($8)}' ~/work/Alternative/result/Gr_result/CO41_42_result/11_AS/end_splice.txt3 |sort |uniq >splice_isform.txt
##提取每种类型中剪切的数目
awk '$1~/Ghir/{print $2}' A2_At_uniq_FPKM.txt |xargs -I {} grep -E "{}$" ../TM1/splice_isform.txt |wc -l
构建卡方检验表：AS与isform的保守性有无关系
> table=matrix(c(11423,1445,16448,7232),nrow=2)
> chisq.test(table)
在多倍化后At、Dt亚组保守的isform数减少了，统计在两个二倍体多倍化后四倍体内亚组间的差异
在category目录中放了这几类
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/fourHomologIsform.py -c1 ../A2_vs_D5/conserve_isform.txt -c2 ../A2_vs_At/conserve_isform.txt -c3 ../At_vs_Dt/conserve_isform.txt -c4 ../D5_vs_Dt/conserve_isform.txt -u1 ../A2_vs_D5/A2_uniq.txt -u2 ../A2_vs_D5/D5_uniq.txt -o1 1 -o2 2 -o3 3 -o4 4 -o5 5 -A2 A2_uniq -D5 D5_uniq
##脚本内对两个基因组总的表达水平进行了矫正
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/conserveIsformFPKM.py -c conserve_isform.txt -fpkm1 ../../geneExpress/stringtie/A2/t_data.ctab -fpkm2 ../../geneExpress/stringtie/TM1/t_data.ctab -o hhhh
##获取差异倍数变化
awk -v fild1=5 -v fild2=6 -f ~/github/zpliuCode/script/log2.awk hhhh >hhhh2
python ~/scripte/Alternative/module/FEST3/uniqisform.py -c conserve_isform.txt -a isform_count.txt -u1 A2_uniq.txt -u2 D5_uniq.txt
参考
