> For the complete documentation index, see [llms.txt](https://zpliu.gitbook.io/booknote/llms.txt). Markdown versions of documentation pages are available by appending `.md` to page URLs; this page is available as [Markdown](https://zpliu.gitbook.io/booknote/cottonweb/hou-duan/sequenceserver.md).

# SequenceServer搭建网页服务

## 安装

sequenceserver基于`ruby`开发的，所以得先下载`ruby`

```bash
yum install rubygems ruby-devel
yum install ruby ruby-dev rubygems-integration
gem install sequenceserver
```

> 安装`sequenceserver`过程中报错 undefined method \`slice!' for nil:NilClass
>
> 由于我的版本是centos6，版本太低了；yum源里面安装的ruby版本只有1.8.7；只能自己冲源代码安装
>
> 参考 <https://blog.csdn.net/zoujian1993/article/details/84338443>

首先使用yum安装依赖

```bash
yum install -y openssl
yum install -y openssl-devel
```

从源代码安装ruby

> 下载地址 <https://www.ruby-lang.org/zh_cn/downloads/>

```bash
wget -c https://cache.ruby-lang.org/pub/ruby/2.7/ruby-2.7.1.tar.gz
cd 
./configure
make
make install
##安装sequenceserve
gem install sequenceserver
```

## 配置sequenceServe

sequenceServe默认的配置文件为`~/.sequenceserver.conf`；也可以使用`-c`参数指定对应的配置文件

增加配置信息到对应的配置文件`-s`参数

```bash
## 指定blast+ 的路径和blast库位置
sequenceserver  -c ./sequenceserve.conf  -s -b /usr/local/bin/blastn/bin -d dataBase
##配置完成后，启动程序
sequenceserver  -c ./sequenceserve.conf -D  -H 0.0.0.0
```

> 访问地址：默认情况下是 <http://localhost:4567>

其他配置参数

| Configuration file | Command line         | Description                                |
| ------------------ | -------------------- | ------------------------------------------ |
| :bin:              | -b / --bin           | Indicates path to the BLAST+ binaries.     |
| :database\_dir:    | -d / --database\_dir | Indicates path to the BLAST+ databases.    |
| :num\_threads:     | -n / --num\_threads  | Number of threads to use for BLAST search. |
| :host:             | -H / --host          | Host to run SequenceServer on.             |
| :port:             | -p / --port          | Port to run SequenceServer on.             |
| :require:          | -r / --require       | Load extension from this file.             |

## 创建blast库

> 参考 <http://sequenceserver.com/doc/#database>

为了提高数据下载功能，可以在node中建一个软连接把这里的基因组数据给导过去

blast索引文件和fasta文件都放在同一个目录下，程序将会递归的搜索

```bash
makeblastdb -in Gbarbadense_gene_transcripts.fasta -title Gbarbadense_HAU_transcripts_v2.0 -parse_seqids  -dbtype nucl
##将会再fasta所在目录生成对应的索引文件
##
```

### 使用NCBI库

不仅仅可以·比对本地库，sequenceserve同样还可以比对到NCBI中已经发表的库

这个之后再实现一下

## 更改UI设置

打算使用`iframe`标签直接把sequencceserver页面引用过去，仅仅改一下UI界面。有两种方法

第一种从源代码更改

下载源代码：地址 <https://github.com/wurmlab/sequenceserver/releases>

> 参考 <https://github.com/wurmlab/sequenceserver#develop-and-contribute>

```bash
###普通用户安装
bundle install --path vendor/bundle --without=development
##去除navbar导航栏，同时给表单增加一个value值
sequence版本1.014 对应文件 sequenceserver-1.0.14/views/search.erb
```

第二种从gem安装文件中更改

> 参考 <https://blog.csdn.net/u014621915/article/details/62221705>

```bash
gem environment
#
  - GEM PATHS:
     - /usr/local/lib/ruby/gems/2.7.0
     - /root/.gem/ruby/2.7.0

##进入对应的目录，在进入sequenceserver源代码目录
cd /usr/local/lib/ruby/gems/2.7.0/gems/sequenceserver-1.0.14/
```

修改`views`目录下对应的`erb`文件，打算删除掉那个navbar，只用删除search.reb中的`navbar`html标签内容

## 配合JBrowse使用

> 参考 <https://jbrowse.org/docs/faq.html#how-can-i-link-blast-results-to-jbrowse>

```bash
```