🎨
booknote
  • Zpliu'Booknote
  • ggplot2
    • 不继承原有数据
    • Untitled Folder 1
      • 直方图绘制
    • 02基于Github笔记实现
    • 回归分析
    • 饼图
    • Theme函数
    • 直方图
    • 分面
    • pheatmap
    • 折线图
    • 桑基图
    • GO富集分析图
    • jupyter内使用R
    • 维恩图
    • 自定义图例
    • ggridges 山峦图
    • GO气泡图
    • 散点图
    • 从数据框中计算频率
    • 箱型图
  • 前端操作
    • 实例练习
      • 动态搜索网页
        • 后端
          • Node 服务框架
          • primer数据表的增删改查
          • 前端post请求
          • login 验证
          • Vue模板
            • Vue-router前端渲染
            • main.vue
          • 基于cookie登录验证
          • 使用mysql包进行数据库的交互
          • 数据库表
            • 学生信息表
            • 用户登录表
            • mysql 事务
            • 教师表
            • 引物表
          • mysql服务
          • html模板页面
            • 错误模板页
          • 08文件上传与下载
        • 解决webpack打包后文件过大问题
        • 前端
          • vue
            • 基于element-ui框架
            • 06 个人主页
            • 08上传组件el-upload
            • element-ui
            • Vue 构建前端框架
            • login登录界面
            • 07表格多选
            • show-data页面
          • vue-cookie
          • vue-router
            • 路由组件传参
        • Appach代理服务转发node
      • pie-progress
        • 01
      • 登录界面
      • Untitled
    • JavaScript
      • fasta文件校验
      • codewar中的练习题
      • 6kyu
      • chapter03
        • 数据类型
      • tweenjs
    • css
      • CSS布局
      • 02定位
    • 前端使用ajax进行异步请求
    • gitbook
    • html
      • 03表格
      • Vue星空
    • Log for study
  • 可变剪切
    • 第六次分析
      • 设计引物
      • 多倍化过程中的变化3
      • 不同棉种间AS的差异
      • At与Dt中不存在保守转录本的基因
      • AS调控基因表达
      • 多倍化过程中变化2
      • 可变剪切统计
      • 可变剪切的进化分析
      • 保守AS模式的鉴定
      • 提纲
      • 可变剪切的翻译分析
      • 多倍化过程中isoform的变化
      • 表观遗传在AS中的作用
      • 全长转录本数据的统计
      • 表观遗传在AS中的作用2
    • 03表观遗传与可变剪切
    • 数据处理流程
      • 计算同源基因间AS的保守程度
      • 重新开始鉴定AS.md
      • 统计IR保守性比例
      • 基因分类
      • 20200111可变剪切数目统计
      • 完全保守的基因对
      • 20200315
      • 20200214
      • 第三个结果
      • 20191230对AS类型进行定义
      • AS保守程度的统计
      • 20200219合并IR
      • 20200320
      • IR事件保守的长度
      • 分析同源基因中发生IR事件的频率
      • 保守的IR的长度统计
      • 筛选基因用于GO富集分析
      • 2020102把没有发生剪切事件的位置找出来
      • 对剪切事件进行分类
      • 06比较不同棉种中isform的差异
      • 甲基化数据处理
      • 寻找motif
      • 根据IR的保守程度对基因进行GO富集分析
      • 分析同源基因间可变剪切的差异
      • 基于前面已经分好的类进行统计
      • 寻找同源基因对应的位点
      • 对同源基因的剪切事件进行分类.md
      • 分析染色体上各种特征
      • HIN1下游调控基因的分析
      • intron 分布
      • 20200102GO富集分析
      • 01全长转录组数据处理
      • 甲基化重复间的处理
    • 文献理解
      • 10核小体定位决定外显子识别
      • 22
      • 09梨树中两个亚基因组经历unbiased 进化
      • 11RNA介导的局部染色质修饰对可变剪切的调控
      • 19讨论染色质开放程度与IR的关系
      • 03植物中的表观遗传
      • 06甲基化在拟南芥开花过程中的研究
      • 20可变剪切的进化
      • 14干旱积累对HIN1蛋白剪切效率的影响
      • 18内含子保留事件中不断变化的范式和调控方式
      • 04从RNA-seq研究可变剪切
      • 16多种RNA-seq策略揭示棉花中高精度的转录态势
      • 07ChIp-seq测序原理 chromatin immunoprecipitation
      • 05甲基化测序数据比对原理
      • 13使用iso-seq分析高粱转录本数据
      • 15POWERDRESS与HDA9相互作用促进去乙酰化
      • 12通过转录与染色质结构的耦合调控可变剪切
      • 英语句子
      • paper list
      • 01多组学数据揭示表观遗传
      • 02A global survey of alternative splicing in allopolyploid cotton: landscape, complexity and regulat
      • 17可变剪切与表观遗传导致白血病
      • 21smallRNA与DNA甲基化
    • 文章提纲
    • AS多倍化过程中的变化
    • 软件使用
      • 01三代测序Iso-seq
      • Bedtools
      • iso-seq测序2.0版本
      • 02Chip-seq操作流程
      • EMBOSS
      • 05鉴定duplicate gene
      • 07kobas本地进行注释
      • MEME本地化
      • DNA甲基化分析流程
      • stringtie
    • 第7个结果
    • 原始数据处理
      • 01三代测序数据原理
      • 02测序read数目统计
    • 第8个结果
    • 第五次分析
      • isoform水平分析
      • rmats2sashimiplot
      • 可变剪切的鉴定
      • 使用单个样本的数据进行AS分析
    • 表观遗传
    • 保守AS的鉴定
    • 第四次分析了
      • 甲基化计算
      • AS统计
      • 分析IR在各个基因组的保守性
    • 第三次对AS进行统计
      • 鉴定DRMs区域
      • 04
      • 重新下载原始数据进行比对
      • 02
      • 01
    • 第三个结果
    • 原始read的分类
    • 表观数据分析
    • 从RNA-seq研究可变剪切
  • 文献
    • 表观遗传
      • 植物中甲基化机制以及靶向操纵工具
    • 陈增建老师
      • 文章
    • 可变剪切
      • Post-transcriptional splicing of nascent RNA contributes to widespread intron retention in plants
      • Variant phasing and haplotypic expression from long-read sequencing in maize
      • 02
      • 01
      • 可变剪接的研究进展及展望
      • 06
      • Co-expression networks reveal the tissue-specific regulation of transcription and splicing
    • panGenome
      • 番茄中广泛的结构变异对基因表达和性状改良中的作用
    • TWAS
      • TWAS解读
    • 数量遗传older
      • Reinventing quantitative genetics for plant breeding: something old, something new, something borrow
    • Untitled 1
    • 多倍化
      • Measuring and interpreting transposable element expression
      • Homoeolog expression bias and expression level dominance (ELD) in four tissues of natural allotetrap
    • 转录调控
      • 指导植物RNA聚合酶II转录的‘GPS’
      • 02综述
    • 3D基因组
      • Methods for mapping 3D chromosome architecture
      • 由粘连蛋白介导的人类基因组中染色体loop图谱
      • 经典Hi-C文献
      • 小麦染色质被组装成基因组疆域和转录工厂
      • Lamina-associated domains: peripheral matters and internal affairs
      • Three-dimensional chromatin landscapes in T cell acute lymphoblastic leukemia
      • Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer
      • Evolutionary dynamics of 3D genome architecture following polyploidization in cotton
      • On the existence and functionality of topologically associating domains
    • Untitled
    • GWAS
      • Population Genomic Analysis and De Novo Assembly Reveal the Origin of Weedy Rice as an Evolutionary
  • CRISP Case9
    • sgRNA设计
    • 01编辑效率检测
    • Hi-TOM
    • 02检查单株覆盖度
  • python
    • matplotlib
      • 图片的基本设置
      • 韦恩图
      • 折线图
      • 堆积直方图
      • 散点图
      • imshow绘制热图
    • 爬虫
      • 根据关键字获取对应的基因
      • TE
    • 多进程
    • 基于模块化编程
    • pybedtools
      • 01API
    • 高级特性
      • 列表操作
      • pickle
    • SOS
      • Script of scripts (SOS)
    • python 解析命令行参数
    • 简单实现python多进程
    • gffutils
      • gffutils
    • 多线程读取文件
    • rpy2
      • 在jupyter中调用R代码
    • pandas
      • 取数据
    • pysam
      • 01API接口
  • cottonWeb
    • 初始化项目
    • views
      • login
      • 404页面
      • register页面
    • 后端
      • Hi-C
      • 错误代码合集
      • SequenceServer搭建网页服务
      • 手把手教你搭建JBrowse-初始化应用
      • 优化JBrowse
    • Vue中使用Echarts
    • 2配置axios请求
    • 07搜索框实时推荐
    • 动画效果
    • layout布局
    • mysql
      • 基因操作
    • 路由配置
  • Vue
    • vue-route
      • 路由
    • Vue中发起ajax请求
    • 计算属性和侦听器
    • provide inject
    • 列表渲染
    • 自定义指令
    • 事件处理
    • Vue项目
      • 九宫格实现
      • 使用vue-resource进行ajax请求
      • 在项目中使用v-router
      • 新闻页面
      • 项目迁移
      • 使用Mint UI组件库
    • 案例操作
      • 02基于Github笔记实现
      • 实现购物车功能
      • Vue组建化
      • todomvc实现日程安排
    • 页面组件化
    • Vue 实例化操作
    • vue
    • 动画的渲染
    • 模板语法
    • class & style
    • 13 动画和过渡效果
    • 02guide
    • 深入了解组件化
    • 表单输入绑定
    • 条件渲染v-if
    • vue-chartjs
      • 起步
  • 并行计算
    • 实验室考试
    • 计算圆周率PI
    • 04.forthClass
    • 使用python3中的threading模块进行简单的并行计算
    • test
      • lastTest
      • 111
    • 第三节课作业
    • 05 test
    • 04test
    • 05homework
    • 04homework
    • OpenMP
    • 集群结构
    • CPU核、多线程、多进程
    • 05Class
    • 06class
    • 07class
    • 08class
  • WebPack
    • 打包css文件
    • 基于Webpack进行Vue开发
    • 处理url 图片
    • webpack 打包Vue
    • 基于webpack的路由操作
    • webpack
  • VueCLI
    • 03组件批量注册
    • 04拖拽插件
    • 05axios跨域问题
    • 07时间轴
    • Blast+ 网页实现
    • VueCLI 安装
    • axios请求
  • Script
    • 转录因子结合位点预测
    • BinomTest
  • mysql
    • 常见函数
      • 常见函数
      • 函数
    • 查询
      • 排序查询
      • 联合查询
      • 基本查询语句
    • 字段约束条件
    • SQLyog
    • 修改
      • 修改
    • powerdesigner数据库模型设计
    • 插入
      • 插入数据
    • 事务
      • 事务
    • 添加新用户
    • 视图
      • 视图
  • 文本编辑器
    • vscode 连接数据库
    • Vue模板补齐
    • visual Studio Code
  • source_code
    • Untitled
    • 并行计算
      • 04test
    • 公众号
      • RNA-seq
    • Untitled 1
  • GWAS
    • QQ-plot
  • RNA-seq
    • 01AnalysisFlow
    • 02脚本批量提交
    • 差异表达基因
    • 文献
      • 01SPL1赋予植物热忍受能力
    • 02 建库方式
  • Linux
    • LSF
    • 02诺和致源下载数据
    • 配置阿里yum源
    • linux三剑客
    • 云梯
    • 取文件相同列
    • root基本命令
    • 服务器网站数据搬迁
    • shell脚本激活Conda环境
    • 使用vscode与服务端R交互
    • 如何使用Conda
    • vim常见使用方法
    • oh-my-zsh
    • bash中的字典与数组
  • SNP分子标记
    • vcf文件处理
  • 生信软件
    • samtools
    • bedtools
    • annovar注释SNP
    • HiC-Pro安装
    • Untitled
    • bwa使用
  • Hi-C
    • 软件
      • HiCPlotter安装
      • pre程序
    • 20200102计算共线性区间保守的boundary
    • 20200108保守的TAD
    • PanGenome
      • PanGenome与各个元件进行注释
      • Pan-Genome数据比对
      • 鉴定两个基因组之间重排
  • node
    • mysql
      • 使用Promise封装
      • 基本的SQL语句
      • mysql的增删改查
      • 在node中使用mysql
    • session与cookie保留用户登录状态
    • MongoDB
      • MongoDB中的SQL语句
      • MongoDB 数据库
      • mongoose中一些常用的查询语句
      • :pig_nose: node中使用MongoDB的实例
      • MongoDB关联查询
      • 设计数据模型
    • 保持数据库处于连接状态
    • npm
    • node中路由设计
    • express中中间件的概念
    • art-template模块的用法
    • curd增删改查的使用
    • Promise 异步编程
    • 关于express框架的学习
    • express-session
    • 配置log4js
  • Cell-Ranger
    • count输出文件夹
      • ANALYSIS
      • feature_bc_matrix文件夹
      • Analysis 结果
      • BARcoded BAM
    • CellRanger aggr
    • 10X genomics测序中用到的术语
    • single sample Analysis
    • Cell Ranger count使用手册
  • HOX3
    • 03共表达分析
    • 01RNA-seq
    • 02基因差异表达分析
  • vue-admin
    • 项目目录结构
  • R
    • dplyr
      • dpylr
      • 过滤数据框
  • 系统遗传学
    • 翻译综述
    • 从脊椎动物的视角解析衰老的遗传机制
    • 01
  • eQTL
    • PEER
      • PEER方法
      • 软件使用
    • 群体结构
      • bcftools
  • sQTL
    • HISAT2比对
    • 02数据处理
  • 资源
    • hexo服务搭建
    • 转录因子数据库
    • 前端资源
    • 01 优雅的PPT设计
    • 文章书写规范
  • SVG
    • 01起步
  • 王悦瑾
    • Bash练习题
    • Bash脚本
    • 9_28起步
  • ES6
    • 模板字符串
    • promise源码解析
    • 01
  • scRNAseq
    • 干细胞不对称分裂
      • Root stem cell niche organizer specification by molecular convergence of PLETHORA and SCARECROW tran
    • 茉莉酸代谢
    • 老年痴呆
  • 多倍体进化
    • 棉花进化
    • 棉属A基因组的起源与进化
  • Vuex
    • 解构前端登录请求
    • VueX
  • ElementUI
    • 源码学习
      • 01drawer
    • Element UI:rocket:
  • reference周记
    • 第一期
    • test
  • 苏柃
    • Bash练习
Powered by GitBook
On this page

Was this helpful?

  1. Cell-Ranger
  2. count输出文件夹

BARcoded BAM

PreviousAnalysis 结果NextCellRanger aggr

Last updated 5 years ago

Was this helpful?

cell ranger 输出的索引BAM文件中包含了序列的比对信息，并且这个文件是按照基因组染色体的顺序排好序的，不是按照reads编号的顺序

温习一下BAM文件的格式

官方文档

http://211.69.141.6/cache/4/03/samtools.github.io/0dbb623f50f0aa48946e3633f9663af6/SAMv1.pdf