single sample Analysis

大致流程主要分为以下几步

1. cellranger mkfastq将下机数据转换为fastq数据格式

2. 使用cellranger count将单个通道GEM well的fastq数据进行分析

3. 如果一个样品在多个通道中进行了测序，还可以选择cellranger aggr将多个通道的数据进行聚合生成单个样品的数据

4. 最后如果需要的话可以使用cellranger reanalyze对libraries中的数据进行重新分析例如 PCA t-SNE clustering 等主要是对参数进行一些微调

1. cellranger mkfastq

这里就不做详细的介绍，因为公司返回的数据经过处理了已经是fastq的格式了，不过需要注意的是，在进行cellranger count分析时，对fastq文件的命名有一定的要求

e.g. SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz

SampleName_S1_L001_R2_001.fastq.gz

2.cellranger count

最主要的就一下几个参数

• --id 指定输出文件夹的名字

• --transcriptome 指定参考基因组的路径

• --sample 指定需要处理的fastq文件的前缀

• --expect-cell=1000 指定预期的细胞数目

• --localcores 指定计算的核心数

• --mempercore 指定内存大小 GB

基本的命令格式

cellranger count --id=J668   --transcriptome=~/genome_data/Ghirsutum_genome_HAU_v1.1/cellranger_reference/Ghirsutum/ --fastqs=~/work/scRNA-seq/Rawdata/   --localcores=20  --sample=J668 --mempercore=20  --expect-cell=1000