rmats2sashimiplot

rmats2sashimiplot可以直接将rMATS的输出结果绘制图片，同样也可以使用基因组的注释文件个基因组坐标绘制。

准备使用matplotlib绘制基因结构

参考 ：http://www.biotrainee.com/thread-624-1-1.html

安装依赖

  • Python 2.7 (Python 3 can be used after running 2to3.sh)

    • numpy

    • scipy

    • matplotlib

    • pysam

  • Samtools

  • bedtools

如果想在python3中运行软件的话，直接使用运行2to3.sh这个脚本转换一下

脚本不需要编译就能直接使用，当然也可以运行python ./setup.py install后直接rmats2sashimiplot即可运行脚本

使用BAM文件的坐标和基因注释文件绘图

BAM文件需要安装染色体坐标排好序，不然samtools index的时候会报错

python3 ~/github/rmats2sashimiplot/src/rmats2sashimiplot/rmats2sashimiplot.py  -h

对rmats的结果进行可视化，默认是绘制所有的事件的，也可以绘制单个事件

绘制单个Exon Skip事件, 由于这里只有单个样品，为了画图可以指定sample1和sample2一样，最后画出两幅一样的图；

也可以使用

  • --b1 安装染色体位置排好序的BAM

  • -t 剪切事件类型

  • -e 对应的剪切事件文件

  • --l1显示第一个样品的label

  • -o 输出文件夹

  • --hide-number 不显示BAM文件中的read数目

  • --color指定配色风格

##提取对应事件的文件，文件必须要包含表头
head -2 ../out2/SE.MATS.JCEC.txt  >test.txt
##绘制图片，指定多个replicate bam，用逗号隔开
python3 ~/github/rmats2sashimiplot/src/rmats2sashimiplot/rmats2sashimiplot.py --b1 ../tmp/bam1_1/Aligned.sortedByCoord.out.bam,../tmp/bam1_2/Aligned.sortedByCoord.out.bam --b2  ../tmp/bam1_1/Aligned.sortedByCoord.out.bam,../tmp/bam1_2/Aligned.sortedByCoord.out.bam -t SE -e test.txt   --l1 '' --l2 '' -o ./ --group-info  group.txt

合并两个重复

--group-info grouping.gf

文件内容如下：

As an example: --b1 a.bam,b.bam,c.bam --b2 d.bam,e.bam,f.bam with this grouping file

firstGroup: 1,4
secondGroup: 1-3,5,6

Defines firstGroup=a.bam,d.bam and secondGroup=a.bam,b.bam,c.bam,e.bam,f.bam

这里有两个一样的分组，并且分组的名字叫evm.TU.Ga14G2881，BAM文件分别是第一个、第二个。

evm.TU.Ga14G2881: 1,2
evm.TU.Ga14G2881: 3,4

当有两个sample要进行比较，而每个sample中又有多个replicate的时候，可以将每个sample中的重复进行合并，然后计算sample中的average inclusion level

Y轴的意义

Y轴是represents a modified RPKM value.，但是从计算公式来看这三个指标没啥区别

图片上的数字表示支持该事件的read数目

参考

  1. https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot#examples

Previousisoform水平分析Next可变剪切的鉴定

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