HiC-Pro安装

1.使用conda安装依赖

• python版本为2.7

conda create -n hicpro python=2.7
conda install -y samtools bowtie2 R

2.安装对应的R包

• 在当前conda环境下运行R

• 也可以绝对路径运行R

R
install.packages(c('ggplot2','RColorBrewer'))

3.安装对应的python包

conda install -y pysam bx-python numpy scipy

4.配置confir-install.txt安装文件

• PREFIX软件安装路径，会在该路径创建一个HiC-Pro_2.11.1目录

• R_PATH指定conda环境下的R

• PYTHON_PATH指定conda环境下的python

• CLUSTER_SYSCLUSTER_SYS集群调度系统为TORQUE,SGE,SLURM,LSF四个中的一种

PREFIX = /public/home/yxlong/yxlong/app/
BOWTIE2_PATH = /public/home/yxlong/miniconda3/bin/bowtie2
SAMTOOLS_PATH = /public/home/yxlong/miniconda3/bin/samtools
R_PATH = /public/home/yxlong/miniconda3/envs/hicpro/bin/R
PYTHON_PATH = /public/home/yxlong/miniconda3/envs/hicpro/bin/python
CLUSTER_SYS = LSF