提纲

1.全长转录本数据

1.1原始数据的比对情况

• 原始下机的read数目、和测序深度

• 测到的基因数目和平均每个基因测到的read数目

1.2转录本数据的可靠性

• FL read注释的内含子两侧的motif序列，是否保守

• FL read 注释的ployA序列是否存在已知的motif

• 存在多TSS和ployA的基因，与已经发表的文章、参考基因组

• 有多少交集

根据这些motif的保守性，说明FL read在注释基因结构上是比较准确的

1.3丰富原有的基因注释信息

• 分为Annotated isoform 和Unannotated转录本

• 在cDNA长度上进行比较

• 根据转录本的注释情况，将基因进行分类

1.4 UTR区域的调控作用

2.AS的鉴定

2.1 AS数据的比例

1. 各个棉种中AS事件类型

2. AS事件数目

3. AS事件的胶图

2.2ASexon的特性

1. GC含量

2. 长度特征

2.3AS基因的变化

1. 存在AS事件的基因在逐渐减少

2. AS基因的KA/Ks值

3.AS对转录本翻译的影响

3.1AS对终止密码子提前和阅读框的改变

3.2AS对蛋白质结构域的影响

4.AS在多倍化过程中的变化

4.1 同源基因AS的保守性

4.2 同源基因转录本的保守性

4.3 保守AS事件的PSI与PSJ值

4.4 productive转录本改变

5.亚组间AS的差异

1. 趋同进化

2. 并行分化

3. 基因的Ka/Ks值

6.AS与DNA甲基化

1. 不同剪接事件的甲基化程度

2. AS事件在多倍化过程中丢失与DNA甲基化、TE插入

3. AS事件在多倍化过程中获得与DNA甲基化、TE插入

4. 保守的AS事件与DNA甲基化