# 文章提纲

**结果**

## **1.**&#x539F;始数据的处理

## 2.PacBio测序描绘了全基因组的AS图谱  师兄文章第二段

Reconstruction of a long-read reference transcriptome for allopolyploid cotton

Figure2

1. 在各个棉种中最终得到的AS种类与数目
2. 设计引物验证测序数据的可靠性

## 3.AS表明了四倍体棉花基因组转录调控的复杂性

1. 比较各个基因组中发生AS的基因数目和比例
   * 各个棉种中AS的数目和种类
   * 各个棉种中特异的AS，特异基因的AS称为特异的AS
   * splice junction
2. 比较四倍体中At、Dt亚基因组之间AS的差异与基因表达偏向性的关系
   * At、Dt中共有的AS
   * At、Dt中亚基因组间特有的AS，**PCR验证**

## 4.在棉花多倍化过程中AS的改变

1. 分别将At、Dt与对应的二倍体祖先进行比较，得到保守的AS
2. 看A、D两个亚基因组在多倍化过程中是否存偏好性

## 5.表观修饰与AS之间的联系

1. 可变的intron与constitutive intron之间表观修饰的差异，说明表观修饰参与到AS的调控，主要讲内含子保留与外显子跳跃
2. 表观修饰在At、Dt中的差异
3. 表观修饰在多倍化过程中(A2->At、D5->Dt);过程中的差异

多倍化之后，剪切事件是否会丢失；At丢失但是Dt没有丢失。

## 领域专家

* 刑毅 课题组网页 [https://xinglab.org/](https://xinglab.org/)

8月31日组会 会议时间： 上午8:00；下午14:30 会议地点：c203 文献汇报顺序：

上午：

1. 戚正阳 ：Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes
2. 刘振平：Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome
3. 牛昊：Global reference mapping of human transcription factor footprints.
4. 尤佳琦：Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell type

下午

1. 苏柃：A limited set of transcriptional programs define major cell types.
2. 常兴：A large-scale binding and functional map of human RNA binding proteins
3. 田雪寒：Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites
4. 陈鑫媛：
   1. Perspectives on ENCODE
   2. An integrative ENCODE resource for cancer genomics
