# 02A global survey of alternative splicing in allopolyploid cotton: landscape, complexity and regulat

## 原文链接

<https://doi.org/10.1111/nph.14762>

## Abstarct

* 可变剪切在真核生物中作为一种调控机制，有效的增加了转录本的丰度
* 通过Pacific Bioscience测序，整合了一套分析流程
* 鉴定到了一些全长转录本了，分析了纤维组织中特有的AS事件，亚基因组同源之间的AS差异；miRNA、核小体占有率、DNA甲基化对AS的作用

## 背景知识

* AS的类型
  * IR intron retention 内含子保留
  * ES  exon skipping
  * AD alternative donor 可变供体
  * AA alternative acceptor 可变受体
  * AP alternative position
* 真核生物中大多数AS事件主要涉及到环境响应；同时转录本不同的剪切体起到不同的作用
* 棉花的多倍化过程中伴随着亚基因组的不对称的选择，AS在这一过程可能也有某种变化，但是当前的注释信息不是很完善

## 结果

* 使用全长转录组的数据，去鉴定**lncRNA**、融合基因 、可变的ploy A位点
* 利用全长转录组的数据，从新构建四倍体的转录本数据
* 分析剪切的连接位点的类型，AS的类型；随机挑选几个跑实验进行验证
* 组织之间剪切事件的差异，以及对应基因的GO功能
* 亚基因组的表达偏差、可变剪切是否存在差异

  * At和Dt数目上的差异，及对应的功能
  * 挑选这个典型的例子，说明问题

  ![](https://nph.onlinelibrary.wiley.com/cms/attachment/e903ae44-9f00-4089-afac-d048085d3761/nph14762-fig-0006-m.jpg)
* miRNA调控AS
* 表观修饰能够调节AS
  * 核小体占有率 使用MNase-seq**微球菌核酸酶**；比较同一个基因可变的部分与不会发生改变的部门核小体占有率的程度
  * 不同类型的甲基化，在可变的内含子与组成型的内含子的差异
  * 转录本的差异往往是3‘端 UTR的差异，分析每个AS 3’UTR甲基化的差异程度与编码区的差异

    ![](https://nph.onlinelibrary.wiley.com/cms/attachment/a7b34a9f-28b2-499e-a402-d36b83630ae0/nph14762-fig-0008-m.png)

## 总结

* 虽然的之前短片段测序在二倍体物种中能够很好的鉴定出isform，但在四倍体中效果不是很好，使用全长转录组的数据能够帮助我们区分出不同亚基因组的AS事件
* 亚基因组isform之间的差异，是来之于加倍之前，还是加倍之后呢
* 表观修饰对AS起着调控作用，但是其中的机理是不清楚的
