# 2020102把没有发生剪切事件的位置找出来

1. 首先将同源基因的序列提取出来建blast库
2. 把不保守的事件的序列与对应的基因序列进行比对获得对应的坐标

## 只在At中不存在的IR事件

由于是在其他基因组中不存在的，所以像比对时的要求都会低一些

```bash
## At中不存在
cat converse/2_2 |xargs -I {} grep -A1 {} Dt_intron_junction.fasta >2_2.fasta 
## blast比对
blastn -query 2_2.fasta  -db ../blastDB/At -outfmt "6  qseqid sseqid qstart qend sstart send nident pident qcovs evalue bitscore"  -evalue 1e-5  -out 2_2.query_blast.txt
## 比对之后有些基因不见了估计是不保守的原因吧
 awk '$7>150&&$8>80&&$9>80{print $0}' 2_2.query_blast.txt

 ## 根据相似度和覆盖度在80%以上同时考虑正负链的情况
awk '$7>150&&$8>80&&$9>80{print $0}' 2_2.query_blast.txt|awk '{a[$1":"$2]+=1}END{for(i in a){if(a[i]>=2){split(i,b,":");print b[2];}}}'|xargs  -I {} grep {} 2_2.query_blast.txt |awk '$7>150&&$8>80&&$9>80{print $0}'|awk '$3+100<300{if($6>a[$1":"$2][0]&&$6>$5){a[$1":"$2][0]=$6}else if($6<$5&&$5>a[$1":"$2][1]){a[$1":"$2][1]=$6}}$3+100>300{if($5>a[$1":"$2][1]&&$6>$5){a[$1":"$2][1]=$5}else if($6<$5&&$5>a[$1":"$2][0]){a[$1":"$2][0]=$5}}END{for(i in a){print i"\t"a[i][0]"\t"a[i][1]"\t"a[i][1]-a[i][0]+1}}'|awk '$4>0{print $0}' >2_no
```

找对应位置的思想

* 提取发生了剪切锚点位置附近的exon序列与基因序列进行比对
* 两段锚点序列与基因序列比对超过两次后，进行筛选
* 筛选指标为比对上长度大于150bp、相似度与覆盖度大于80%
* 有可能存在正负链不一致的情况，然后获得在对应同源基因处的锚点

## 有了，没有发生IR事件的坐标之后可以看一下对应的甲基化程度怎么样

首先提取对应非保守位置处的bed文件

```bash
## 非保守的At处理方式
awk -F ":" '{print $2}' 2_no|awk '{split($1,a,"_");print a[3]"_"a[4]"\t"a[5]+$2-1"\t"a[5]+$3-1"\t"a[7]"\t"a[1]"_"a[2]"_"a[3]"_"a[4]"_"a[5]+$2-1"_"a[5]+$3-1"_"a[7]}' >At_noconverse.bed
```

```bash
## 提取各个基因组甲基化位点
grep "Ghir_D" ~/work/Alternative/result/homologo/IntronR/intronR/test/converseBed/2_2.bed >Dt_converse.bed
grep "Gor" ~/work/Alternative/result/homologo/IntronR/intronR/test/converseBed/2_2.bed >D5_converse.bed
grep "evm" ~/work/Alternative/result/homologo/IntronR/intronR/test/converseBed/2_2.bed >A2_converse.bed
```

在剪切的内含子区域似乎没有什么差距

[![不同基因组内含子区域CpG甲基化的差别](https://s2.ax1x.com/2020/01/02/lYjV3t.md.png)](https://imgchr.com/i/lYjV3t)

## 使用bin进行窗口的扫描
